Film d'animation basé sur le manga Détective Conan de Aoyama Gosho.
Il y a quinze ans, un bateau a heurté un iceberg, emportant avec lui le capitaine et son équipage. De nos jours, Conan et toute sa troupe sont invités par Sonoko à bord d’un yacht de luxe nommé Aphrodite. Lors d’une partie de cache-cache, Sonoko est agressée alors qu’elle cherchait Ran. Heureusement, Conan intervient à temps pour la retrouver. Mais, au même moment, un événement tragique survient : un passager est assassiné…